Sorozatban ötödször nyerte meg az időmérő edzést Francesco Bagnaia Portugáliában. A szoros szabadedzések után az időmérőn kibontakozott némi Ducati fölény, de a verseny izgalmasnak ígérkezhet.
Négy Ducati már a szabadedzések alapján bejutott a legjobb 10-be, hozzájuk csatlakozhatott Johann Zarco a Pramac Ducatin. Némi meglepetésre a Q1-ből továbbjutott Iker Lecuona, aki így egyetlen KTM-esként lehetett a Q2-ben. Nakagami bukása miatt a végén már nem tudott beleszólni ebbe a küzdelembe. Binder is eldobta a motort már a Q1 elején.
A Q2-ben az első etapban Jack Miller futotta a legjobb köridőt. Quartararo közel volt hozzá, de a legjobb körét sárga zászló miatt elvették. A Ducati erőfölényét mutatta, hogy a két gyári és a két Pramac is közel volt a legjobb időhöz, de ott volt még Mir is.
Végül Bagnaia volt az, aki meg tudta javítani Miller körét, így pályarekorddal szerezte meg a pole-pozíciót sorozatban ötödször. Utoljára Casey Stoner volt képes Ducatival sorozatban öt rajtelsőségre, az ausztrál mellesleg most a helyszínen is jelen van. A gyári Ducatik így 1-2-ben zárták az időmérőt, mivel a pramacosok is a 4-5. helyet szerezték meg a rajtrácson. Volt egy érdekes jelenetük a boxban, ahol majdnem összeértek az első etap után befelé jövet, de mindketten motoron maradtak. Jorge Martin azon a pályán szerezte meg a 4. rajthelyet, ahol év elején súlyosan megsérült, és több versenyt ki kellett hagynia.
Keep it clean in pit-lane chaps! 💥@88jorgemartin apologised to @JohannZarco1 soon afterwards! 😂#AlgarveGP 🏁 pic.twitter.com/JMkzGq960l
— MotoGP™🏁 (@MotoGP) November 6, 2021
A világbajnoki címvédő Quartararo tudott javítani a végén, de ez csak a 7. helyre volt elég. A négy Ducati közé Joan Mir tudott beférkőzni, aki ezzel élete első elsősoros rajthelyét szerezte meg – furcsa ezt írni a tavalyi világbajnokról. Pol Espargaro 6. a Repsol Hondával.